environmental profile을 이용한 단백질 구조 정렬.

저자: Jung J, Lee B.

소속: Laboratory of Molecular Biology, Division of Basic Sciences, National Cancer Institute, National Institutes of Health, Bethesda, Maryland, USA.

초록

새로운 protein structure alignment 절차를 설명한다. 첫 번째 정렬은 구조의 3차원 기하를 명시적으로 고려하지 않고, 두 protein의 1차·2차·3차 구조 특징(profile)에 대한 1차원 목록을 비교해 생성한다. 두 번째 단계에서는 현재 정렬을 기반으로 구조의 3차원 superposition을 통해 새로운 정렬을 찾아 반복적으로 정제한다.

이 새로운 절차는 routine all-against-all structural comparison을 수행할 만큼 충분히 빠르다. 이 절차는 때때로 geometry만 고려할 때 일반적으로 얻어지지 않는 evolutionary relationship을 시사하는 정렬을 찾아낸다.

알려진 모든 protein structure를 대표하는 3,539개 protein structural domain 사이의 모든 pair-wise comparison을 수행했다. 결과로 얻은 3,539개 z-score를 이용해 protein을 cluster화했다. z-cutoff가 높아질수록 main cluster의 수는 계속 증가했지만, multiple-member cluster의 수는 z-cutoff 5.0과 5.5에서 최대를 보였다. z-cutoff 5.0을 적용했을 때 main cluster는 총 2,043개였으며, 그중 둘 이상의 member를 가진 cluster는 336개뿐이었다.