1998년부터 2013년까지 한국 돼지 유행성 설사 바이러스의 유전적 특성 분석.

저자: Kim SH, Lee JM, Jung J, Kim IJ, Hyun BH, Kim HI, Park CK, Oem JK, Kim YH, Lee MH, Lee KK.

초록

한국에서 돼지 유행성 설사(PED) 사례는 지난 20년 동안 증가했으며, 2013년에 대규모 유행이 발생했다. 1998년부터 2013년까지 한국 strain 27개를 분석하고, noncoding region을 제외한 spike(S), ORF3, envelope(E), membrane(M), nucleocapsid(N) 유전자를 기준 strain, vaccine strain, 기존 확인 strain과 비교해 phylogenetic analysis를 기반으로 두 그룹으로 나누었다.

한국에서 분리된 PEDV의 선택 패턴 분석 결과, S와 N protein에서 9개의 nonsynonymous site에 positive selection이 나타났고 모든 protein에서 97개 site에 negative selection이 나타났다. 흥미롭게도 S의 nonsynonymous mutation 8개는 15년 기간 동안 뚜렷한 패턴 변화를 보이지 않았으며, 그중 한 mutation site는 유행 연도인 2005년과 2008년의 IC05TK, GN05DJ, KNU0802에서만 발견되었다. 이 8개 mutation은 중국의 유행 연도에도 존재했다.

또한 S protein의 positive selection 신호 중 conservative substitution이 radical substitution보다 더 빈번해, 한국 strain의 진화가 느리게 진행되었음을 시사했다. 세 field PEDV와 두 vaccine strain 사이에는 서로 다른 serum neutralization titer를 가진 혈청학적 교차 반응성이 관찰되었다. 결론적으로 한국 PEDV가 느리게 진화해 왔음에도, 다양한 항원성과 유전적 특성은 향후 PED 유행을 예방하기 위한 다각적 노력이 필요함을 보여준다.