단백질 구조 데이터베이스의 circularly permuted protein.

저자: Jung J, Lee B.

소속: Laboratory of Molecular Biology, Center for Cancer Research, National Cancer Institute, National Institutes of Health, Bethesda, Maryland, USA.

초록

일부 protein은 sequence가 circularly permuted 되었을 때 다른 protein과 homologous하다. 이러한 protein 몇 가지는 주로 sequence comparison으로, 그리고 3차원 구조 비교로도 인식되어 왔다. 본 연구는 SCOP 90% identity domain database의 모든 protein pair 중 한 pair의 sequence가 circularly permuted 되었을 때 구조적으로 superimposable해지는 pair를 체계적으로 탐색한 결과를 보고한다.

합리적인 기준을 적용했을 때, 전체 protein domain의 47%가 sequence circular permutation 후 데이터베이스 내 최소 하나 이상의 다른 protein domain과 superimposable했다. 이들 중 다수는 symmetric protein으로, sequence circular permutation이 있든 없든 다른 protein과 중첩될 수 있었다.

그러나 총 3,035개 domain 중 412개는 nonsymmetric domain이며, 이들은 sequence circular permutation 후에만 다른 protein과 구조적으로 superimposable했다. 여기에는 알려진 대부분의 circularly permuted protein과 원거리 homology를 가진 이전에 탐지되지 않았던 많은 protein이 포함되었다.